Microbiote intestinal : le guide pour prendre soin de votre deuxième cerveau

Le microbiote intestinal fait l’objet de curiosités ces dernières années. En effet, la recherche ne cesse de souligner son importance sur la santé. Et pour cause, le microbiote intestinal renferme tout un écosystème de micro-organismes capables d’influencer votre santé. Celui qu’on surnomme désormais le deuxième cerveau de l’organisme humain a des aspects qui sont même largement sous-estimés. Humeur, système immunitaire, poids, problèmes d’obésité, digestion, et si tout partait de l’équilibre de votre microbiote intestinal ? Découvrez comment optimiser naturellement votre microbiote pour transformer votre santé de l'intérieur, études scientifiques à l’appui validées.

Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?

Définition : un écosystème de 100 000 milliards de micro-organismes

Vous entendez régulièrement parler de l’importance de votre microbiote intestinal sans comprendre vraiment de quoi il est question ? Levons le voile sur le sujet : c’est quoi exactement le microbiote ?

Le microbiote intestinal est le terme désigné pour nommer la présence d’une vraie vie intérieure microscopique au sein de l’organisme humain et de son écosystème. Il regroupe plus de 100 000 milliards de micro-organismes qui vivent dans votre intestin, soit 10 fois plus que le nombre de cellules de votre corps tout entier. Dans cette communauté foisonnante se trouve plus 1000 espèces bactériennes différentes avec des virus, des champignons et des archées.

Le poids total de ces espèces est tout de même de 1,5 à 2 kg chez un adulte, ce qui démontre bien l’importance de cet écosystème insoupçonné.

Autre point intéressant à connaître : votre microbiote intestinal a une diversité génétique 150 fois supérieure à celle du génome humain.

Ce qui est d’autant plus surprenant avec le microbiote humain, c’est qu’il est différent selon chaque individu/hôte. En effet, chaque personne possède sa propre signature microbienne, un peu comme une empreinte digitale.

Votre microbiote se forme dès la naissance et évolue tout au long de votre vie selon ce que vous mangez, selon votre environnement et votre mode de vie.

La différence entre microbiote et microbiome

Avec tous les espoirs fondés dans l’équilibre de la flore intestinale, il est souvent difficile de bien distinguer les termes qui entourent cet aspect de la santé. Vous vous êtes sans doute déjà demandé quelle est la différence entre le microbiote et le microbiome, deux termes largement utilisés.

Le microbiote correspond à l'ensemble des microorganismes vivants dans le tube digestif. Sa composition prend forme à la naissance pour atteindre une taille mature vers l’âge de trois ans. Il est ensuite influencé par des facteurs environnementaux et génétiques. Il est prouvé qu'un déséquilibre (dysbiose) du microbiote peut entraîner plusieurs pathologies, même si l’importance de son rôle varie selon la maladie. [1]

Le microbiome englobe le microbiote avec tout son écosystème fonctionnel. [2] Il inclut donc aussi l’ensemble des gènes de ces micro-organismes, leurs métabolites, leurs interactions entre eux, avec vos cellules et avec l’environnement intestinal. Il faut le voir comme le terrain d’interactions du microbiote.

C’est ce fonctionnement global qui intéresse particulièrement la recherche scientifique, car il donne des informations sur la composition du microbiote, mais aussi sur son rôle dans votre digestion, votre immunité, votre santé mentale et même certaines maladies chroniques.

Pourquoi on le surnomme votre deuxième cerveau ?

L'intestin est désormais souvent surnommé le deuxième cerveau. En effet, il porte son surnom à juste titre puisqu’il est composé de plus de 500 millions de neurones. Cette découverte scientifique a d’ailleurs révélé des connexions bidirectionnelles entre l’intestin et le cerveau via plusieurs voies de communication. [3]

Par exemple, le nerf vague agit comme une autoroute nerveuse. Il relie directement l’intestin au cerveau. Les messages y circulent dans les deux sens.

Le système immunitaire est lui aussi concerné. Il fonctionne comme un messager d’alerte. Ainsi, quand le microbiote détecte un problème ou un déséquilibre, il peut influencer les réactions immunitaires qui, elles, impactent aussi le cerveau.

Quant aux molécules produites par le microbiote, elles peuvent fabriquer des substances (comme la sérotonine ou des acides gras) capables de moduler votre humeur, votre stress et même vos comportements.

À quoi sert le microbiote ? Ses 4 rôles pour votre santé

1. Le rôle digestif : extraire l'énergie et produire des nutriments

Votre intestin abrite un monde actif où vos bactéries travaillent constamment au service de votre santé. Elles accomplissent des tâches que votre corps ne pourrait jamais faire seul :

Production d’acides gras à chaîne courte (AGCC) :

• Butyrate : il nourrit les cellules de votre intestin ;

• Propionate : il aide à réguler le métabolisme du foie ;

• Acétate : il joue un rôle dans la sensation de satiété.

Synthèse de vitamines essentielles :

• Vitamine K : importante pour votre coagulation sanguine ;

• Vitamines B : indispensables à votre production d’énergie ;

• Folates : indispensables à la division et au renouvellement des cellules.

Digestion des fibres : vos enzymes digestives ne peuvent décomposer qu’environ 5 % des fibres que vous mangez. Les 95% restants sont pris en charge par vos bactéries intestinales. Ce sont elles qui vont transformer ces fibres en nutriments bénéfiques pour votre corps.[4]

2. Le rôle immunitaire : 70% de votre immunité se joue dans l'intestin

Le tissu lymphoïde associé à l'intestin (GALT) constitue d’ailleurs le plus grand organe immunitaire de votre corps. C’est donc votre source protectrice principale contre les maladies.

Comment votre intestin vous protège-t-il ?

• Les bonnes bactéries empêchent les microbes dangereux de s’installer pour maintenir une meilleure composition de votre microbiote intestinal ;

• Production naturelle de substances antimicrobiennes ;

• Régulation de l’inflammation ;

• Mise en place du système immunitaire dès l’enfance.

D’après une étude scientifique, il est en effet démontré qu’une faible diversité bactérienne dans le microbiote intestinal des nourrissons (à 1 et 12 mois) est liée à un risque plus élevé de sensibilisation allergique, de rhinite allergique et d’éosinophilie sanguine au cours des six premières années de vie.

Cette étude explique bien le lien entre système immunitaire et microbiote intestinal. [6]

3. Le rôle neurologique : l'axe intestin-cerveau et l'impact sur l'humeur

L’intestin produit également des précurseurs de la dopamine, impliquée dans la motivation et le plaisir.

Certaines bactéries intestinales influencent la production de GABA, un neurotransmetteur qui aide à calmer votre système nerveux.

Des recherches ont d’ailleurs mis en évidence que les psychobiotiques (des familles de probiotiques ciblés) peuvent contribuer à :

• Réduire l’anxiété ;

• Améliorer certains symptômes dépressifs ;

• Soutenir les fonctions cognitives. [8]

4. Le rôle métabolique : l'influence sur le poids et les maladies

Votre microbiote joue également un rôle clé dans le métabolisme. Non seulement, il régule la glycémie et la sensibilité à l’insuline, mais ilinfluence également le stockage des graisses. [9]

Le microbiote module aussi l’inflammation chronique associée à l’obésité et il participe à la régulation de l’appétit grâce aux hormones de satiété.

Il a notamment été prouvé qu’une dysbiose du microbiote, notamment une réduction des bactéries productrices de butyrate, est associée à une résistance à l’insuline et à une mauvaise régulation de la glycémie chez les personnes atteintes de diabète de type 2. [10]

Eubiose et dysbiose : comment savoir si votre microbiote intestinal est déséquilibré ?

L'eubiose : l'état d'équilibre souhaité pour chaque hôte

L'eubiose est l’état dans lequel se trouve votre écosystème intestinal lorsqu’il est en parfaite harmonie (équilibre). Dans cet état idéal, les bonnes bactéries dominent et créent un environnement sain pour votre santé.

Quels sont les effets d’un état d’eubiose et pourquoi est-il important de parvenir à le conserver comme tel ?

• Parce que cet état renforce la barrière intestinale qui vous protège elle-même contre les infections ;

• Parce qu’un bon équilibre induit une production optimale de neurotransmetteurs comme la sérotonine ;

• La synthèse des vitamines essentielles (K, B12, folates) est efficace.

• Le système immunitaire est au maximum de ces capacités de régulation. Vous êtes donc moins à risque de développer des maladies.

La dysbiose : quand les mauvaises bactéries prennent le dessus chez l’humain

La dysbiose, quant à elle, désigne un déséquilibre du microbiote expliqué par :

• Une diminution de la diversité bactérienne avec une mauvaise répartition des espèces présentes ;

• Une prolifération de bactéries potentiellement pathogènes chez l’hôte ;

• Une réduction des bactéries bénéfiques (Lactobacilles, Bifidobactéries) ;

• Une perméabilité intestinale trop importante.

Il faut comprendre que la dysbiose arrive quand l’équilibre précieux de l’eubiose est rompu. Malheureusement, lorsque les mauvaises bactéries prolifèrent dans l’intestin, elles sécrètent des toxines inflammatoires qui perturbent la perméabilité intestinale.

Cette "hyperperméabilité" laisse alors une entrée aux mauvaises substances pour passer dans la circulation sanguine. Voici comment vous pouvez vous retrouver avec une inflammation systémique chronique. [11]

Les symptômes qui peuvent vous alerter

Si vous souffrez d’une dysbiose, votre corps va envoyer des signaux qui peuvent vous alerter :

Troubles digestifs récurrents :

• Ballonnements après les repas (présents chez 78% des personnes en dysbiose) ;

• Alternance diarrhée/constipation ;

• Douleurs abdominales chroniques ;

• Reflux gastro-œsophagien.

Autres manifestations possibles :

• Fatigue chronique inexpliquée (liée à la malabsorption des nutriments) ;

• Troubles de l'humeur : anxiété, dépression légère (l'axe intestin-cerveau perturbé) ;

• Infections récurrentes : rhumes fréquents, mycoses (immunité affaiblie) ;

• Problèmes de peau : eczéma, acné (inflammation systémique).

Le plan d'action en 3 piliers pour prendre soin de votre microbiote

Pilier 1 : l'alimentation

Votre assiette détermine la composition de votre microbiote, d’où l’importance de bien choisir vos aliments si vous voulez nourrir vos bonnes bactéries.

Les prébiotiques : la nourriture préférée des probiotiques

Les prébiotiques sont des fibres spécialisées que vos bonnes bactéries adorent. Contrairement aux probiotiques, ils ne sont pas digérés par votre organisme mais servent de nourriture à votre microbiote.

Les meilleurs prébiotiques :

• Inuline : topinambour (16g/100g), chicorée, ail, oignon ;

• Fructo-oligosaccharides (FOS) : banane verte, asperges, poireau ;

• Galacto-oligosaccharides (GOS) : légumineuses, graines de lin ;

• Amidon résistant : pommes de terre refroidies, bananes vertes, avoine.

Les fibres alimentaires : le festin de votre microbiote

Les fibres alimentaires servent de substrat principal pour votre écosystème intestinal. Il en existe plusieurs souches dont les fibres solubles et insolubles.

Les fibres solubles forment un gel dans l'intestin et sont facilement fermentées. Il s’agit des :

• Pectines : pommes avec peau, agrumes, carottes ;

• Bêta-glucanes : avoine, orge, champignons shiitaké ;

• Gommes naturelles : légumineuses, graines de chia.

Les fibres insolubles, elles, augmentent le volume des selles et stimulent le transit :

• Cellulose : légumes verts, céréales complètes ;

• Lignine : graines de lin, fruits à coque.

Menu type riche en fibres (35g) :

• Petit-déjeuner : flocons d'avoine (4g) + framboises (6g) + graines de lin (3g)

• Déjeuner : salade de lentilles (8g) + brocolis (5g) + pomme avec peau (4g)

• Dîner : quinoa (3g) + haricots verts (2g)

Les aliments fermentés : des probiotiques naturels

Les aliments fermentés apportent des bactéries vivantes bénéfiques directement dans votre intestin. Ces micro-organismes colonisent temporairement votre tube digestif et exercent des effets positifs immédiats.

Les polyphénols : les protecteurs de votre flore

Les polyphénols sont des composés antioxydants qui ont un effet prébiotique sélectif. Autrement dit, ils favorisent la croissance des bonnes bactéries tout en inhibant les pathogènes.

Comment agissent les polyphénols ?

• Effet antimicrobien sélectif contre les mauvaises bactéries ;

• Stimulation de la croissance des bifidobactéries et lactobacilles ;

• Renforcement de la barrière intestinale via la production de mucus ;

• Sources exceptionnelles de polyphénols.

Où en trouver ?

Dans les myrtilles ; les mûres, les framboises, le thé vert, le chocolat noir, les épices comme le curcuma, la cannelle ou encore les clous de girofle et également dans les légumes colorés (aubergines, radis rouge, chou rouge, etc).

Pilier 2 : les probiotiques en compléments

Quand l'alimentation ne suffit pas à restaurer l'équilibre de votre microbiote, il faut envisager la prise de probiotiques. Ces compléments alimentaires vont vous permettre de réensemencer rapidement votre microbiote et donc de le rééquilibrer.

Critères de choix pour bien choisir ses probiotiques :

• Concentration élevée : minimum 10 milliards d'UFC (Unités Formant Colonies) ;

• Souches documentées : chaque souche doit avoir fait l'objet d'études cliniques ;

• Résistance gastrique : capsules gastro-résistantes ou souches naturellement résistantes ;

Diversité des souches : multi-souches pour un effet synergique.

Pilier 3 : l'hygiène de vie globale

Il faut être conscient que votre mode de vie influence directement votre microbiote.

Le stress chronique, le manque de sommeil et la sédentarité, par exemple, sont mauvais pour l’équilibre intestinal.

Aussi, si vous n’avez pas une bonne hygiène de vie, mais tout de même une bonne alimentation, cela ne suffira pas à maintenir un microbiote équilibré.

Gestion du stress et techniques anti-stress :

Le stress chronique libère du cortisol qui réduit la diversité microbienne et augmente la perméabilité intestinale. Pratiquez donc des activités quotidiennes anti-stress.

Testez, par exemple, la méditation de pleine conscience : 10 minutes/jour réduisent l'inflammation intestinale ;

Vous pouvez également essayer la respiration cohérente : 5 minutes, 3 fois/jour régulent le nerf vague ;

Le yoga est bien connu pour abaisser les niveaux de stress.

Si vous n’avez pas le temps pour tout ça ou un manque de motivation, prenez au moins du temps pour marcher en pleine nature chaque jour (au moins 30 minutes).

Optimisation du sommeil :

Votre microbiote suit un rythme circadien strict. Un sommeil perturbé déséquilibre donc rapidement vos cycles naturels. Les recherches montrent qu'un sommeil de qualité (7-9h) maintient la diversité microbienne. [12]

Au quotidien, prenez donc l’habitude de vous coucher et de vous lever à heures fixes pour avoir un sommeil réparateur. Dormez dans une chambre dont la température est d’environ 18-19°. Et surtout, arrêtez bien les écrans une heure avant de dormir et ne mangez pas trop tard.

Il faut au moins espacer de deux heures votre dîner avant d’aller vous coucher.

Activité physique modérée :

L'activité physique stimule la diversité microbienne et favorise la production d'acides gras à chaîne courte, l’essence de vos cellules intestinales.

Microbiote : les facteurs qui le fragilisent

Le sucre et les aliments ultra-transformés

Les aliments ultra-transformés sont vraiment l'ennemi numéro un à bannir si vous voulez prendre soin de votre microbiote. Ces produits industriels sont très riches ensucres ajoutés, additifs et conservateurs. Ils n’apportent rien de positif à votre organisme. Au contraire, ils vont même créer un environnement hostile dans votre intestin.

Par exemple, le sucre raffiné nourrit vos mauvaises bactéries au détriment des souches bénéfiques. Cette dysbiose entraîne une inflammation chronique de la muqueuse intestinale et elle affaiblit votre barrière intestinale.

Quant aux émulsifiants et stabilisants que l’on retrouve dans ces aliments, ils perturbent directement la couche de mucus protectrice dans vos intestins. Ainsi, ils exposent vos cellules intestinales aux toxines bactériennes.

Vous l’aurez compris, il est très important de privilégier les aliments bruts et non transformés type fruits et légumes frais, céréales complètes, légumineuses et protéines de qualité. Tous ces bons aliments nourrissent vos bonnes bactéries.

L'abus d'antibiotiques et l'impact d'autres médicaments

Les antibiotiques sont parfois indispensables. Il faut toutefois savoir qu’ils sont très mauvais pour le microbiote. S’ils permettent de soigner certaines infections, les antibiotiques ont le désavantage de détruire indistinctement les bonnes et les mauvaises bactéries.

Une seule cure d'antibiotiques peut même aller jusqu’à réduire de 30% la diversité de votre microbiote et certaines souches bénéfiques peuvent ne jamais se reconstituer naturellement.

D'autres médicaments ont les mêmes effets sur votre flore intestinale :

• Les inhibiteurs de la pompe à protons (anti-acides) / : ils modifient le pH intestinal ;

• Les anti-inflammatoires non stéroïdiens : ils altèrent la perméabilité intestinale ;

• Certains antidépresseurs perturbent l'axe intestin-cerveau.

Vous devez donc consommer ces médicaments de manière réfléchie, sur prescription et lorsque cela est indispensable pour vous soigner.

N’hésitez pas à demander des alternatives naturelles à votre médecin et surtout, faites une supplémentation en probiotiques pendant et avant la prise de vos traitements antibiotiques.

Le stress chronique, l'alcool et le manque de sommeil

Le stress chronique est mauvais sur tous les plans. Il entraîne d’ailleurs des réactions en chaîne qui perturbent clairement l’équilibre microbien.

Par exemple, savez-vous que le cortisol, l’hormone du stress, favorise la prolifération de bactéries pro-inflammatoires et affaiblit votre barrière intestinale ?

L'alcool exerce lui aussi un effet toxique direct sur votre muqueuse intestinale. Même consommé modérément, il altère la composition de votre microbiote et augmente la perméabilité intestinale.

Quant au manque de sommeil, il perturbe les rythmes circadiens de vos bactéries intestinales. Un sommeil de moins de 6 heures par nuit peut suffire à réduire la diversité microbienne et à favoriser l'inflammation systémique.

Le pire dans tout ça, c’est que ces trois facteurs s’auto-alimentent : le stress perturbe le sommeil, ce qui favorise des comportements alimentaires déséquilibrés et la consommation d'alcool. Il est donc important de sortir de ce cercle vicieux sans attendre si vous vous y trouver.