Dysbiose intestinale : 8 symptômes et le protocole pour la traiter

Vous avez beau faire des nuits complètes, vous vous sentez encore fatigué chaque jour ? Cette fatigue intense s’accompagne de ballonnements au quotidien ? Avez-vous déjà entendu parler de la dysbiose intestinale ? Cette perturbation de votre écosystème intestinal peut entraîner des symptômes divers et influencer votre forme, votre peau, votre humeur, etc. Comment reconnaître les symptômes de la dysbiose intestinale et bien la traiter ?

Qu'est-ce que la dysbiose intestinale ?

Plus qu'un simple ventre gonflé : la rupture de l'écosystème intestinal

La dysbiose intestinale peut être définie comme un déséquilibre du microbiote. Pour rappel, plus de 100 000 milliards de micro-organismes vivent dans votre tube digestif. C’est ce qu’on appelle le microbiote.

Quand ce microbiote présente une rupture durable au sein même de son harmonie de vie, on parle de dysbiose intestinale, un phénomène qui touche bien plus de personnes qu’on ne le pense. Vous l’aurez compris, il ne s’agit pas d’une simple indigestion ou de quelques problèmes de digestion passagers. La dysbiose s’installe avec le temps. Elle traduit une véritable faille dans le fonctionnement interne de votre vie intestinale.

Pour bien comprendre de quoi il s’agit, il faut rappeler que les bonnes bactéries prolifèrent dans un intestin sain. Ce sont les lactobacilles et les bifidobactéries. Ces bactéries bonnes pour votre santé maintiennent un équilibre parfait.

Elles vont notamment agir de la façon suivante :

• Synthétisation des vitamines essentielles (B12, K, folates). Autrement dit, elles vous aident à mieux assimiler les nutriments et à maintenir votre organisme en pleine forme.

• Renforcement de la barrière intestinale. Les bonnes bactéries protègent vos intestins des agents pathogènes et empêchent les substances indésirables de passer dans le sang

• Modulation de l'inflammation. Elles régulent la réponse immunitaire et évitent les excès qui pourraient provoquer douleurs ou maladies chroniques

• Communication avec votre cerveau via l'axe intestin-cerveau. Elles influencent votre humeur, votre stress et même votre sommeil grâce à la production de neurotransmetteurs.

En maintenant l’équilibre de votre microbiote, vous n’allez donc pas seulement choyer votre digestion. Un microbiote sain est un pilier essentiel de la santé globale.

L’importance du microbiote et les conséquences de son déséquilibre sont d’ailleurs largement confirmées par les études scientifiques, comme le démontre une étude publiée en 2025.

Cette dernière s’intéresse à la définition de la dysbiose, aux symptômes associés et à la manière de détecter précocement une dysbiose intestinale. [1]

Les différents types de dysbiose

Là où les choses se compliquent, c’est qu’il existe en réalité plusieurs formes de dysbiose intestinale. Elles peuvent être classées selon la manière dont le microbiote est altéré et les micro-organismes qui prennent le dessus.

• Dysbiose de fermentation : elle correspond à une prolifération excessive de bactéries fermentaires, souvent dans l’intestin grêle. Cette surproduction de gaz entraîne des ballonnements après les repas, des flatulences et des douleurs abdominales et un inconfort.

• Dysbiose de putréfaction : elle survient lorsque certaines bactéries dégradent de façon excessive les protéines alimentaires dans le côlon. Elles libèrent alors des substances potentiellement irritantes ou toxiques (amines, ammoniac, phénols). Les symptômes fréquents sont des selles particulièrement odorantes, une mauvaise haleine, mais aussi parfois constipation ou une diarrhée.

• Dysbiose fongique : ici, ce sont des levures comme Candida albicans qui prolifèrent dans votre intestin. Présentes naturellement dans l’organisme, elles commencent à poser problème lorsqu’elles prennent le dessus. Elles viennent souvent d’une alimentation trop riche en sucres, de la prise d’antibiotiques ou d’un système immunitaire affaibli. En cas de dysbiose fongique, vous pouvez avoir des envies soudaines de sucre, des infections récidivantes (mycoses, candidoses) ou encore des troubles de la peau.

Identifier le type de dysbiose est donc important pour trouver la bonne façon de rééquilibrer le microbiote. Toutefois, sachez-le, l’auto-diagnostic de la dysbiose reste assez compliqué à réaliser seul.

8 symptômes qui peuvent révéler une dysbiose

Certains symptômes de flore intestinale détruite apparemment distincts sur le papier pourraient en fait avoir une seule et même origine : la dysbiose. Voici la liste de ces symptômes à surveiller de près.

1. Les troubles digestifs chroniques (ballonnements, gaz, transit irrégulier)

Une étude scientifique a comparé la diversité et la composition du microbiote fécal chez des patients qui présentaient des ballonnements abdominaux fonctionnels et chez d’autres témoins sains. Il a été mis en évidence que la composition du microbiote fécal des patients était très différente de celle des témoins, avec une diversité microbienne plus faible et une proportion plus élevée de certaines bactéries telles que Faecalibacterium prausnitzii et Prevotella copri. [2]

Ces gonflements abdominaux n’arrivent généralement pas seuls. Ils sont souvent accompagnés de :

• Nombreux gaz intestinaux malodorants ;

• D’une alternance entre constipation et diarrhée ;

• De douleurs abdominales soulagées par l'évacuation des selles ;

• D’une sensation de digestion lente.

2. La fatigue chronique et le manque d'énergie inexpliqué

La fatigue chronique liée à la dysbiose est bien réelle et s’explique scientifiquement. En effet, si vous souffrez de dysbiose, votre microbiote n’est plus équilibré. Certaines bonnes bactéries sont moins nombreuses alors que d’autres bactéries nuisibles se multiplient.

De ce fait, les vitamines peuvent être moins bien absorbées, notamment les vitamines B (B1, B6, B12).

Une étude explique bien ce phénomène en montrant comment certaines bactéries en excès dans l'intestin grêle peuvent, par exemple, consommer la vitamine B12 et ainsi réduire sa disponibilité pour l'organisme humain. [3]

La fatigue chronique peut également être engendrée par une inflammation silencieuse induite par les bactéries elles-mêmes. Lorsqu’elles sont en excès, les mauvaises bactéries peuvent effectivement provoquer une petite inflammation constante. Cette inflammation épuise les ressources de votre corps et entraîne une sensation de fatigue. [4]

Il faut aussi faire le lien entre microbiote et substances fabriquées dans le cerveau (comme la dopamine ou la sérotonine). Si vos bonnes bactéries sont moins nombreuses, elles fourniront moins de messages au cerveau pour activer l’énergie, ce qui peut induire de la fatigue.

Cette théorie est appuyée par une étude scientifique publiée en 2025. L’étude suggère que la dysbiose intestinale pourrait contribuer à des symptômes comme la fatigue en perturbant la production de neurotransmetteurs essentiels. [5]

Enfin, sachez-le, l’inflammation dans l’intestin peut aussi dérégler le sommeil. Même si vous dormez longtemps, votre qualité de sommeil est mauvaise. Au final, vous vous sentez toujours fatigué.

3. Les problèmes de peau récurrents

Comme le démontre une étude scientifique, l’intestin et la peau sont étroitement liés. [6] C’est d’ailleurs ce qui explique qu’une dysbiose intestinale puisse entraîner des problèmes de peau comme :

• L’acné inflammatoire chez l'adulte ;

• L’eczéma et les dermatites récidivantes ;

• La rosacée et les rougeurs ;

• Le vieillissement cutané prématuré.

En prenant soin de conserver une flore intestinale saine, vous pourriez donc prévenir ou améliorer ces problèmes cutanés récurrents.

4. Les troubles de l'humeur, l'anxiété et le brouillard mental

• De l’anxiété et des attaques de panique ;

• De la dépression légère à modérée ;

• Du brouillard mental et des difficultés de concentration ;

• De l’irritabilité et des sautes d'humeur.

Une étude scientifique a réussi à démontrer que les troubles psychiatriques comme la dépression ou l’anxiété sont en partie associés à un déséquilibre du microbiote intestinal.

En gros, ils seraient dus au fait qu’il y ait moins de bactéries anti-inflammatoires et plus de bactéries pro-inflammatoires. Ce déséquilibre contribuerait à l’inflammation et aux troubles neurochimiques. [8]

5. Les envies de sucre et les fringales incontrôlables

Si l’équilibre de votre microbiote intestinal est perturbé, les levures pathogènes, comme Candida, peuvent proliférer. Elles viennent alors se nourrir essentiellement de sucre et stimulent votre corps à en réclamer davantage.

Cette hypoglycémie réactionnelle agit comme un cercle vicieux en entraînant de la fatigue et de nouvelles envies de sucre.

6. Les douleurs articulaires et l'inflammation de bas grade

Quand votre microbiote intestinal est en situation de dysbiose, votre paroi de l’intestin devient plus perméable. Elle laisse passer des toxines bactériennes (appelées endotoxines) dans votre sang. Votre organisme va alors réagir à ces intrusions et cela peut entraîner divers symptômes comme :

• Des douleurs articulaires un peu partout dans le corps ;

• Des raideurs le matin, surtout au réveil ;

• Une inflammation générale, que l’on peut mesurer par un taux élevé de CRP dans le sang ;

• Un risque plus élevé de développer des maladies auto-immunes.

7. Une mauvaise haleine persistante

Vous avez l’impression d’avoir constamment mauvaise haleine, même en vous brossant les dents régulièrement ? Sachez que cette halitose peut parfois venir de votre intestin et pas seulement de votre bouche. [9]

Plusieurs facteurs intestinaux expliquent cette mauvaise haleine :

• Fermentation anormale des protéines dans l’intestin, qui produit des gaz malodorants ;

• Production de composés soufrés, responsables de cette odeur caractéristique.

• Remontées gastro-œsophagiennes, qui font remonter des substances digestives odorantes vers la bouche ;

• Prolifération bactérienne dans l’intestin grêle qui perturbe l’équilibre naturel de votre microbiote.

8. Une sensibilité accrue aux infections

La dysbiose peut également se traduire via une immunité affaiblie. Ainsi, si vous avez régulièrement des infections de type infections urinaires récidivantes, mycoses génitales à répétition ou encore des rhumes et des infections ORL fréquents, cela pourrait vous alerter.

Une étude scientifique en particulier explique comment une dysbiose intestinale chronique peut perturber l'équilibre du système immunitaire et entraîner une inflammation systémique. [10]

Quelles sont les causes principales de la dysbiose ?

L'alimentation pro-inflammatoire

L'alimentation moderne et industrielle est un facteur déclenchant de dysbiose. Certains aliments pro-inflammatoires sont, en effet, connus pour dérégler la flore intestinale.

Comme le démontre une étude, ces aliments transformés et riches en graisses, sucres et sel affectent le microbiote intestinal et l'axe intestin-cerveau. Ils peuvent même induire une inflammation et potentiellement influencer la fonction cérébrale. [11]

Quels sont ces aliments exactement ?

• Les sucres raffinés et les édulcorants artificiels ;

• Les aliments ultra-transformés riches en additifs ;

• La viandes rouge et la charcuterie, surtout si vous les consommez en excès ;

• L’alcool ;

• Le gluten est également mis en cause chez les personnes sensibles. Il peut dérégler le microbiote.

La prise d'antibiotiques et l'impact d'autres médicaments

Les antibiotiques ont un impact terrible sur le microbiote. S’ils sont parfois indispensables pour traiter une infection, il faut savoir qu’ils détruisent indistinctement bonnes et mauvaises bactéries :

Vous avez pris des antibiotiques de façon répétée ? C’est la dysbiose chronique quasi assurée.

De la même manière, si vous prenez des médicaments comme les IPP, les anti-inflammatoires ou des médicaments de chimiothérapie, vous détruisez forcément votre flore intestinale. [12][13][14]

Le stress chronique

Comme toujours, le stress chronique est mauvais pour la santé. Il perturbe tout l’organisme, l’axe intestin-cerveau compris. Un stress chronique peut même aller jusqu’à réduire la diversité microbienne au sein de votre organisme. Il peut augmenter la perméabilité intestinale et modifier votre pH intestinal.

Les recherches démontrent d’ailleurs que le stress chronique double le risque de développer une dysbiose. [15]

Les infections intestinales mal soignées

Sachez aussi que certaines infections créent un terrain favorable à la dysbiose :

• Gastro-entérites à répétition ;

• Parasitoses non diagnostiquées ;

• SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) ;

• Infections à Helicobacter pylori.

Comment traiter la dysbiose et restaurer l'équilibre intestinal ?

Étape 1 : nettoyer l'intestin

Pour nettoyer votre intestin efficacement et traiter la dysbiose naturellement, vous allez devoir réduire l’inflammation et éliminer les pathogènes. Pour cela, il est recommandé de mettre en place une première phase d’action pendant deux ou trois semaines.

Certaines plantes aux propriétés antimicrobiennes sont très efficaces pour atteindre cet objectif. Voici celles que vous pouvez consommer :

• Berbérine : 500 mg 2 fois par jour ;

• Extrait de pépins de pamplemousse : 250 mg 3 fois par jour ;

• Origan (carvacrol) : 200 mg 2 fois par jour ;

• Ail noir fermenté : 600 mg/jour.

Quelques conseils d’expert pour suivre le protocole de nettoyage de l’intestin correctement :

• Idéalement, prenez vos antimicrobiens 30 minutes avant les repas ;

• Effectuez une rotation des plantes toutes les 5 jours pour éviter les résistances ;

• Renforcez votre hydratation en buvant environ 2,5 litres d'eau/jour.

Étape 2 : adopter une alimentation anti-dysbiose

En parallèle, consommez un rééquilibrage alimentaire pour traiter votre dysbiose. Pendant 6 à 8 semaines minimum, voici les aliments à privilégier :

Légumes fermentés maison :

• Choucroute crue : 50g/jour ;

• Kimchi : 30g/jour ;

• Kéfir de légumes : 100ml/jour.

Fibres prébiotiques spécifiques :

• Inuline : artichaut, topinambour, poireau ;

• FOS (fructo-oligosaccharides) : banane verte, oignon ;

• Amidon résistant : pommes de terre refroidies, légumineuses.

Aliments riches en polyphénols :

• Myrtilles, grenades, thé vert ;

• Curcuma + poivre noir ;

• Chocolat noir >85%.

Aliments à éviter temporairement :

• Sucres raffinés et édulcorants ;

• Gluten (même sans intolérance) ;

• Produits laitiers industriels ;

• Aliments ultra-transformés ;

• Alcool.

Voici un exemple de menu type anti-dysbiose :

• Petit-déjeuner : smoothie vert (épinards, avocat, baies, graines de chia) + thé vert

• Déjeuner : salade de quinoa aux légumes fermentés + saumon sauvage + huile d'olive

• Dîner : soupe de légumes + blanc de volaille + légumes vapeur

Étape 3 : réensemencer avec des probiotiques

Maintenant, vous devez penser à réintroduire de bonnes bactéries dans votre intestin pour restaurer un microbiote équilibré. Le choix des probiotiques est très important car il en existe plusieurs avec différentes souches.

Idéalement, choisissez des formules multi-souches pour maximiser les bénéfices sur votre digestion, votre immunité et votre santé intestinale en général. Certaines souches sont particulièrement efficaces et validées scientifiquement :

• Lactobacillus rhamnosus GG : aide à renforcer et protéger la barrière intestinale ;

• Bifidobacterium longum : puissant effet anti-inflammatoire pour calmer l’intestin ;

• Lactobacillus plantarum : améliore la digestion et le confort intestinal ;

• Saccharomyces boulardii : un probiotique antifongique naturel qui aide à réguler la flore.

Nos probiotiques renferment jusqu’à 6 familles de probiotiques (soit 10 Milliards d'UFC) et 2 familles de prébiotiques. Il est conseillé aux personnes qui souffrent de dysbiose et de troubles de la flore intestinale.

Étape 4 : réparer la muqueuse intestinale

La dysbiose fragilise la paroi intestinale. Pour soutenir et réparer cette barrière, il est donc recommandé d’apporter des nutriments spécifiques qui participent à la régénération des cellules intestinales et à la réduction de l’inflammation.

Parmi eux : la glutamine, le zinc, la vitamine A et les acides gras oméga 3.

La glutamine est particulièrement efficace car elle constitue la principale source d’énergie pour les cellules de votre intestin (les entérocytes). Elle participe directement à la synthèse des protéines nécessaires à la réparation de la muqueuse. Elle va aussi aider à restaurer l’intégrité de votre barrière intestinale en limitant le passage des toxines dans votre circulation sanguine et en réduisant l’inflammation locale.

Comment diagnostiquer une dysbiose ?

Vous vous demandez comment savoir si vous avez une dysbiose ou si vous souffrez tout simplement du côlon irritable ? Rendez-vous chez votre médecin pour obtenir les prescriptions des examens nécessaires.

L'analyse des selles

L'analyse de selles est l'examen de référence proposé pour diagnostiquer une dysbiose. Elle donne des informations précises sur la diversité et l'équilibre de votre microbiote. Elle révèle également l’éventuelle présence de pathogènes (bactéries, parasites, levures) et analyse vos marqueurs inflammatoires.

Grâce à l’analyse de vos selles, il sera possible d’avoir une lecture globale de votre microbiote et de savoir comment prendre en charge vos maux.

N’hésitez pas à faire la demande de prescription à votre médecin.

Les tests respiratoires pour le SIBO

Pour identifier le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth), un type spécifique de dysbiose caractérisé par une croissance excessive de bactéries dans l'intestin grêle, il peut aussi vous être proposé de faire des examens respiratoires. Ces tests utilisent le lactulose ou le glucose.

Ils nécessitent d’absorber un sucre particulier, puis d’analyser les gaz expirés (hydrogène et méthane) pour voir s’il y a une fermentation inhabituelle dans votre intestin grêle.